La plupart des minéraux et des cristaux comportent de multiples couleurs. Et c’est par leurs couleurs qu’ils se distinguent le plus. Les causes de la coloration de ces derniers sont multiples. Différentes théories expliquant la présence de ses colorations reposent essentiellement sur de la chimie et la physique.

En fait, c’est le comportement des électrons célibataires, présents aussi bien dans les atomes que dans les ions, ainsi que leur interaction avec la lumière qui justifie toute cette large palette de couleurs. Il est à souligner que la couleur, dans la plupart des minéraux et des cristaux, provient de l’absorption sélective de la lumière blanche selon différents processus et des effets d’optique. Quelques exemples illustrant ce phénomène :
- La coloration idiochromatique bleu azur de l’Azurite s’explique par la présence d’ions cuivre.
- La coloration allochromatique vert intense des émeraudes s’explique par la présence d’impuretés, à savoir des ions chrome Cr3+.
- La coloration allochromatique rose de la Kunzite s’explique par la présence d’ions manganèse Mn2+, dispersés dans le cristal à l’état traces.
- La coloration violette de l’améthyse dépend d’un centre coloré faisant intervenir l’ion fer (III) Fe3+ présent à l’état de traces.